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Le musée national d'Art contemporain, dit musée du Chiado, a été créé en 1911 dans une partie de l'ancien couvent São Francisco, dans le Chiado. Rouvert en 1994 dans des espaces aménagés par Jean-Michel Wilmotte, il présente la peinture et la sculpture portugaises depuis 1850, avec des artistes comme Columbano Bordalo Pinheiro, Amadeo de Souza-Cardoso et Almada Negreiros.

Le Musée de la Bière occupe des salles sous les arcades de l'aile est de la Praça do Comércio, à côté d'un restaurant avec terrasse tenu par la même maison. Son parcours interactif suit le brassage de la bière depuis les monastères de l'Europe médiévale, en passant par la révolution industrielle, jusqu'aux bières artisanales portugaises ; les salles sont décorées d'œuvres du peintre Júlio Pomar.

Le Lisboa Story Centre est une exposition historique ouverte en 2012 dans l'aile est de la Praça do Comércio. À l'aide de décors multimédias, de maquettes et de films, elle suit la ville depuis sa fondation mythique par Ulysse, en passant par l'époque des Grandes Découvertes, jusqu'au tremblement de terre du 1er novembre 1755 et à la reconstruction de la Baixa sous le marquis de Pombal.

Le Centre d'interprétation de l'histoire de la morue occupe deux étages du pavillon d'angle est de la Praça do Comércio. Des salles avec films, animations et une simulation de doris retracent la pêche portugaise à la morue au large de Terre-Neuve et du Groenland et la Flotte blanche de la Seconde Guerre mondiale, avant d'aborder la place du bacalhau dans la cuisine portugaise.

Le musée de l'Orient a ouvert en 2008 dans un ancien entrepôt frigorifique de morue sur les quais d'Alcântara, réaménagé par la Fundação Oriente. Ses collections portent sur la présence portugaise en Asie et sur les arts religieux et du spectacle asiatiques, dont des paravents japonais, des marionnettes d'ombres indonésiennes et la collection Kwok On de masques et de costumes.

Le musée Calouste-Gulbenkian présente la collection du magnat arménien du pétrole Calouste Gulbenkian dans un bâtiment et un jardin inaugurés en 1969. Un premier circuit couvre l'Égypte ancienne, la Mésopotamie, la Grèce, Rome et le monde islamique ; le second parcourt la peinture et la sculpture européennes et les arts décoratifs français jusqu'aux bijoux de René Lalique.

Le MAAT – Musée d'Art, d'Architecture et de Technologie est le musée d'art contemporain, d'architecture et de technologie de la Fondation EDP, au bord du fleuve à Belém. Son bâtiment bas et courbe, conçu par l'agence d'Amanda Levete, revêtu de carreaux de céramique blancs et doté d'un toit praticable, a ouvert en octobre 2016 à côté de la centrale Tejo, une ancienne centrale électrique dont les halles accueillent aussi des expositions.

Le Musée du Trésor royal a ouvert en 2022 dans l'aile ouest, enfin achevée, du palais national d'Ajuda, autour d'une salle forte de 40 mètres de long fermée par des portes d'acier. Ses onze sections présentent la couronne, le sceptre et les bijoux royaux du Portugal, l'or et les diamants du Brésil, des monnaies et médailles, des cadeaux diplomatiques et le service d'argenterie de Germain.

Le musée national des Carrosses, à Belém, présente des carrosses et voitures des maisons royales portugaises du XVIe au XIXe siècle, sur un ensemble d'environ 9 000 objets. Fondé en 1905 dans le manège de 1787 du palais de Belém, il a transféré en 2015 l'essentiel de sa collection dans un nouveau bâtiment situé en face, conçu par Paulo Mendes da Rocha.

Le Musée d'Art populaire se dresse au bord du fleuve à Belém, dans un pavillon construit pour l'Exposition du monde portugais de 1940 et ouvert comme musée en 1948. Ses salles, décorées par des artistes de l'époque, présentent l'art populaire portugais région par région : céramique, vannerie, costumes, instruments de musique, outils agricoles et matériel de pêche, du Minho à l'Algarve.

Le MAC/CCB Musée d'art contemporain occupe le bâtiment d'exposition du Centro Cultural de Belém, conçu par Vittorio Gregotti et Manuel Salgado et construit entre 1989 et 1993. En 2023, il a remplacé le musée Berardo et présente l'art des XXe et XXIe siècles des collections Berardo, Ellipse et Teixeira de Freitas, ainsi que des expositions temporaires.

Le Musée Benfica – Cosme Damião est le musée du club omnisports lisboète S.L. Benfica, ouvert en 2013 à côté de l'Estádio da Luz et nommé d'après l'un des fondateurs du club en 1904. Ses trois étages présentent trophées, maillots, documents et films en 29 espaces thématiques, jusqu'à un dôme géodésique ; les visites guidées du stade partent du même complexe.