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Le Yasaka-jinja, autrefois appelé sanctuaire de Gion, se dresse au bout est de la Shijō-dōri, dans le quartier de Gion à Kyoto. Selon ses propres archives, il remonte à 656 ; dédié au dieu Susanoo, il est à la tête d'environ 2 300 sanctuaires Yasaka. L'enceinte comprend un pavillon principal de style Gion-zukuri, une scène de danse garnie de lanternes et la porte ouest vermillon.

Le Heian-jingū fut construit en 1895 pour le 1 100e anniversaire de la fondation de Heian-kyō, l'ancien nom de Kyoto. Ses pavillons vermillon aux toits verts reproduisent à échelle réduite la salle d'État de l'ancien palais impérial, et il est consacré aux empereurs Kanmu et Kōmei. Derrière les pavillons s'étend un jardin de promenade dessiné par Ogawa Jihei VII.

Le palais impérial de Kyoto fut la résidence des empereurs du Japon jusqu'au transfert de la capitale à Tokyo en 1869. Les visiteurs suivent un parcours fixe dans l'enceinte, au sein du parc Kyoto Gyoen, et voient de l'extérieur les pavillons, dont la salle des cérémonies Shishinden ; les bâtiments actuels datent de 1855 et des visites guidées ont lieu plusieurs fois par jour.

Le Nanzen-ji est le temple principal de la branche Nanzen-ji du zen Rinzai, fondé en 1291 par l'empereur Kameyama sur le site de son palais secondaire, dans l'est de Kyoto. On monte sur la porte Sanmon de 22 mètres, datée de 1628, on contemple le jardin sec du Hōjō, la résidence de l'abbé, et l'on passe sous un aqueduc en brique de 1890 qui amène l'eau du lac Biwa.

Le Kiyomizu-dera est un temple bouddhiste sur les pentes du mont Otowa, dans l'est de Kyoto, dédié à la Kannon à onze visages et fondé en 778. Son pavillon principal, reconstruit en 1633, surplombe la colline sur une terrasse en bois portée par de hauts piliers ; en contrebas, les visiteurs recueillent l'eau des trois filets de la cascade d'Otowa.

Le musée national de Kyoto, dans l'arrondissement de Higashiyama, conserve et expose l'art prémoderne du Japon et de l'Asie : peinture, sculpture, calligraphie, céramique et textiles. Il ouvrit en 1897 dans le Meiji Kotokan en brique rouge dessiné par Katayama Tōkuma ; les expositions ont lieu aujourd'hui dans l'aile Heisei Chishinkan de Yoshio Taniguchi, ouverte en 2014.

Le Sanjūsangen-dō, officiellement Rengeō-in, est un temple Tendai de l'est de Kyoto fondé en 1164 pour l'empereur retiré Go-Shirakawa. Son pavillon principal en bois de 1266, long d'environ 120 m, abrite 1 001 statues debout de la Kannon aux mille bras autour d'une grande Kannon assise, avec les dieux du vent et du tonnerre Fūjin et Raijin.

Le Ginkaku-ji, officiellement Jishō-ji, est un temple zen au pied des collines de Higashiyama, à Kyoto. Le shogun Ashikaga Yoshimasa le commença en 1482 comme villa de retraite, et il devint un temple après sa mort en 1490. Un chemin passe devant le Kannon-den à deux étages, dit Pavillon d'argent, un jardin de sable ratissé et un jardin de mousse à flanc de colline.

Le musée ferroviaire de Kyoto, propriété de JR West, a ouvert en 2016 en agrandissant le musée des locomotives à vapeur d'Umekoji de 1972, à l'ouest de la gare de Kyoto. Son hall principal de trois niveaux présente du matériel roulant, des locomotives à vapeur aux Shinkansen, et sa rotonde de 1914, bien culturel important, abrite des locomotives à vapeur autour d'une plaque tournante en service.

Le Tō-ji est un temple bouddhiste shingon fondé en 796, peu après que Kyoto devint capitale, et confié au moine Kūkai en 823. Sa pagode en bois à cinq étages, reconstruite en 1644, mesure environ 55 mètres, la plus haute du Japon. Les pavillons Kondō et Kōdō abritent des statues bouddhiques, et un marché occupe l'enceinte le 21 de chaque mois.

Le Kinkaku-ji, officiellement Rokuon-ji, est un temple zen du nord de Kyoto, bâti comme villa du shogun Ashikaga Yoshimitsu et transformé en temple après sa mort en 1408. Son Pavillon d'or, dont les deux étages supérieurs sont couverts de feuilles d'or, se dresse au bord d'un étang dans un jardin de promenade ; le bâtiment actuel a été reconstruit en 1955 après un incendie criminel en 1950.

Le Fushimi Inari-taisha est le sanctuaire principal du kami Inari, vénéré pour le riz, les récoltes et le commerce, au pied du mont Inari dans le sud de Kyoto. Fondé en 711, il possède des sentiers bordés de milliers de torii vermillon offerts par des entreprises, qui montent à travers la forêt, devant de plus petits sanctuaires, jusqu'au sommet de 233 m.

Le Ryōan-ji est un temple zen de l'école Rinzai, au nord-ouest de Kyoto, fondé en 1450. Son jardin sec dispose quinze pierres sur des îlots de mousse dans un gravier blanc ratissé, entouré d'un muret d'argile et contemplé depuis la véranda du pavillon de l'abbé ; le domaine comprend aussi un grand jardin d'étang.

Le Tenryū-ji est le temple principal de la branche Tenryū-ji du zen Rinzai, à Arashiyama, dans l'ouest de Kyoto. Le shogun Ashikaga Takauji le fonda en 1339 à la mémoire de l'empereur Go-Daigo, avec Musō Soseki pour premier abbé ; la plupart des pavillons actuels furent reconstruits après des incendies au XIXe siècle. Le jardin d'étang Sōgen, de Musō, prend les collines d'Arashiyama pour toile de fond.