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Le Musée national ferroviaire de Pietrarsa occupe les ateliers bourboniens de Pietrarsa, fondés en 1840 par Ferdinand II le long de la ligne Naples–Portici, premier chemin de fer d'Italie, ouvert en 1839. Plus de 55 locomotives et voitures historiques sont exposées dans les anciens pavillons au bord de la mer, d'une réplique de la locomotive Bayard aux trains électriques.

Le musée du trésor de San Gennaro a ouvert en décembre 2003 à côté de la cathédrale de Naples et présente les dons offerts au saint patron de la ville pendant cinq siècles. La collection comprend des bijoux, des bustes en argent, des ex-voto, des peintures et une chaise à porteurs dorée du XVIIIe siècle autrefois utilisée lors des processions ; la chapelle du Trésor du saint se trouve dans la cathédrale voisine.

Le Lapis Museum est un parcours souterrain sous la basilique Santa Maria Maggiore della Pietrasanta, sur la Via dei Tribunali, géré par l'Associazione Pietrasanta. Les visites guidées passent par des citernes grecques et romaines de nouveau parcourues d'eau depuis 2021 et par un tronçon de l'ancien aqueduc qui servit d'abri antiaérien pendant la Seconde Guerre mondiale, avant de remonter 35 mètres en ascenseur.

Le Jago Museum occupe l'église Sant'Aspreno ai Crociferi, en bordure du Rione Sanità, où le sculpteur Jago a réalisé plusieurs œuvres, dont sa Pietà. L'église, toujours consacrée, présente un accrochage changeant de ses sculptures et la visite commence par un parcours guidé ; le billet inclut Il Figlio Velato, dans la Cappella dei Bianchi voisine.

Le Musée archéologique national de Naples fut fondé en 1777 dans le Palazzo degli Studi, ancien siège de l'université, et ouvrit en 1816. Il conserve la collection Farnèse de sculptures antiques, dont le Taureau Farnèse, des mosaïques, des fresques et des objets de Pompéi, d'Herculanum et de Stabies comme la mosaïque d'Alexandre, une collection égyptienne et le Cabinet secret.

Le musée de Capodimonte occupe le palais de Capodimonte, commencé en 1738 pour le roi Charles de Bourbon sur la colline au nord de la vieille ville, notamment pour abriter la collection Farnèse héritée de sa mère. Ouvert sous sa forme actuelle en 1957, il présente la peinture napolitaine et italienne, les arts décoratifs et les appartements royaux, au milieu d'un vaste parc boisé.