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Il Museo dell'Opera del Duomo conserva le sculture e le opere d'arte originali realizzate per la cattedrale di Firenze, il Battistero e il Campanile di Giotto. Aperto nel 1891 e ampliato nel 2015 nell'ex Teatro Nuovo, espone la Porta del Paradiso originale del Ghiberti, un modello a grandezza naturale della facciata medievale della cattedrale, la Maddalena di Donatello e la Pietà Bandini di Michelangelo.

Il Museo Salvatore Ferragamo occupa i piani inferiori di Palazzo Spini Feroni, il palazzo medievale in Piazza Santa Trinita che è sede della casa di moda. Aperto nel 1995, presenta mostre tematiche annuali tratte dall'archivio dell'azienda, che conserva le scarpe realizzate da Salvatore Ferragamo dal 1927 fino alla sua morte nel 1960.

Il Bargello è un museo nazionale nel Palazzo del Bargello, un palazzo fortificato iniziato nel 1255 per i magistrati della città e poi usato come sede della polizia e carcere. Aperto nel 1865, conserva sculture rinascimentali di Donatello, Michelangelo, Cellini e Giambologna, oltre ad avori, smalti, maioliche, bronzi e armi.

La Galleria degli Uffizi è un museo d'arte nell'edificio a U che Giorgio Vasari iniziò nel 1560 come sede degli uffici di Cosimo I de' Medici, tra Piazza della Signoria e l'Arno. Le sale espongono pittura dal XIII al XX secolo, tra cui la Nascita di Venere di Botticelli, e scultura antica delle collezioni medicee.

Le Cappelle Medicee sono le cappelle funerarie della famiglia Medici presso la Basilica di San Lorenzo, museo statale dal 1869. La visita conduce dalla cripta alla Cappella dei Principi con la sua cupola, rivestita di marmi colorati e intarsi di pietre dure, fino alla Sagrestia Nuova di Michelangelo del 1519–1534, con le sue figure della Notte, del Giorno, dell'Aurora e del Crepuscolo.

Il Museo Galileo è un museo di storia della scienza in Palazzo Castellani, accanto agli Uffizi sull'Arno, chiamato fino al 2010 Istituto e Museo di Storia della Scienza. I suoi strumenti scientifici provengono dalle collezioni medicee e lorenesi e comprendono due cannocchiali costruiti da Galileo, la lente di un terzo, globi, orologi e modelli anatomici.

Il Leonardo Interactive Museum è un museo privato in Via dei Servi, tra la Galleria dell'Accademia e il Duomo, aperto da più di vent'anni. Espone ricostruzioni funzionanti a grandezza naturale di macchine tratte dai codici di Leonardo da Vinci, come un carro armato, una catapulta, una vite aerea e un ornitottero, che i visitatori possono azionare di persona.

Il Museo de' Medici è un museo sulla storia della famiglia Medici, da Lorenzo il Magnifico ad Anna Maria Luisa, ultima della dinastia. Dal 2023 occupa la Rotonda del Brunelleschi, un edificio a pianta centrale iniziato nel 1432 e rimasto incompiuto per cinque secoli, e alcuni ambienti dell'ex monastero di Santa Maria degli Angeli.

Il Museo di San Marco occupa il convento domenicano di San Marco, ricostruito da Michelozzo per Cosimo de' Medici dal 1437. Conserva una grande collezione di opere del Beato Angelico, tra cui gli affreschi da lui dipinti in 44 celle dei frati e l'Annunciazione in cima alle scale, oltre alla biblioteca di Michelozzo e alle celle del Savonarola.

Il Museo del Calcio è il museo della Nazionale italiana di calcio, in un casolare ricostruito presso il centro tecnico federale della Federazione Italiana Giuoco Calcio a Coverciano. Aperto nel 2000, espone maglie, palloni, medaglie, scarpe e coppe della storia della Nazionale dagli anni Venti, insieme a un archivio digitale di fotografie e filmati.