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Il Leonardo3 Museum è un museo interattivo dedicato a Leonardo da Vinci all'ingresso della Galleria Vittorio Emanuele II su Piazza della Scala, aperto come mostra nel 2013. Espone ricostruzioni funzionanti delle sue macchine, come il leone meccanico e una macchina volante, restauri digitali dei suoi dipinti e un modello del refettorio del Cenacolo com'era ai suoi tempi.

Casa Manzoni è la casa in Via Morone dove lo scrittore Alessandro Manzoni visse dal 1814 fino alla morte, nel 1873. La facciata neorinascimentale in terracotta su Piazza Belgioioso risale al 1864, e il museo all'interno conserva il suo studio e la camera da letto insieme a ritratti, lettere ed edizioni delle sue opere.

La Pinacoteca Ambrosiana è la galleria d'arte fondata nel 1618 dal cardinale Federico Borromeo accanto alla Biblioteca Ambrosiana, la biblioteca da lui aperta nel 1609. Le sale espongono dipinti di Leonardo, Botticelli, Tiziano e Caravaggio, tra cui la Canestra di frutta di Caravaggio e il cartone di Raffaello per la Scuola di Atene.

La Pinacoteca di Brera è la galleria statale di Milano, aperta nel 1809 nel Palazzo di Brera, un ex collegio gesuita ricostruito da Francesco Maria Richini nel Seicento. Le sale espongono pittura italiana dal XIII al XX secolo, tra cui il Cristo morto del Mantegna, lo Sposalizio della Vergine di Raffaello e Il bacio di Hayez.

Villa Necchi Campiglio è una casa museo in Via Mozart a Milano, costruita nel 1932–1935 su progetto dell'architetto razionalista Piero Portaluppi per la famiglia Necchi Campiglio. Gestita dal FAI, conserva gli interni d'epoca e le collezioni d'arte, e il suo giardino ospita un campo da tennis e una piscina all'aperto.

Il Museo civico di storia naturale di Milano fu fondato nel 1838 dalle collezioni di Giuseppe De Cristoforis e Giorgio Jan. L'edificio neoromanico rosso e crema del 1888–1893 sorge nei giardini pubblici Indro Montanelli, e le sale espongono minerali, fossili, scheletri di dinosauri e diorami di animali nei loro habitat.

Il Cenacolo è il dipinto murale di Leonardo da Vinci con Gesù e i dodici apostoli, realizzato intorno al 1495–1498 su una parete del refettorio del convento domenicano di Santa Maria delle Grazie. Il refettorio è oggi il Museo del Cenacolo Vinciano, visitabile in piccoli gruppi a orario prefissato; la Crocifissione del Montorfano occupa la parete opposta.

Il Museo Nazionale Scienza e Tecnologia Leonardo da Vinci è stato aperto nel 1953 nell'ex monastero di San Vittore al Corpo, attorno a due chiostri. Le collezioni ripercorrono scienza, tecnologia e industria in Italia, dai modelli costruiti sui disegni di Leonardo all'astronomia, all'energia, alle locomotive a vapore, alle navi e agli aerei, e nel parco si trova il sottomarino Enrico Toti.